Dans son rapport mondial 2017, Human Rights Watch s’inquiète de « l’intolérance [du gouvernement] à l’égard des voix discordantes ». L’ONG de défense des droits de l’Homme rappelle notamment qu’au moins quarante militants pro-Biafra ont été tués dans la répression violente de manifestations, en février et mai 2016. Dans le nord du pays, au moins 347 membres de l’Islamic Movement in Nigeria, le mouvement représentant la minorité chiite du pays, ont été tués dans les « événements de Zaria » en décembre 2015. Ils sont accusés d’avoir obstrué un axe routier lors d’une procession religieuse, empêchant le passage et menaçant la sécurité du gouverneur de l’Etat de Kaduna avec lequel l’IMN est en conflit. Enfin, Human Rights Watch dénonce l’inaction du gouvernement fédéral face aux affrontements communautaires entre gardiens de troupeaux nomades, majoritairement d’ethnie Fulani et de confession musulmane, et les villageois de plusieurs Etats du nord et de la Middle Belt. Le passage des troupeaux est perçu par certains comme une agression et les attaques conduisent souvent à des représailles, sans que des solutions n’aient été trouvées par les autorités.
Le gouvernement doit contenir la menace représentée par Boko Haram dans le nord-est du pays bien qu’il s’évertue à déclarer le groupe « anéanti » et continue à faire face à de graves pertes de pétrole dans le sud-est, qui ont plongé l’économie dans la récession en 2016. Ces difficultés, réelles, ne justifient pas selon les ONG de défense des droits de l’Homme les abus commis par les forces de l’ordre. « Les dirigeants du Nigeria devraient se préoccuper avant tout d’assurer les droits fondamentaux à leur peuple, première victime du marasme économique du pays », déclare Mausi Segun, chercheuse à HRW.